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NVIDIA Clara Parabricks

NVIDIA Clara Parabricks

GPU Beschleunigte Genomik Anwendungen

NVIDIA Clara™ ist eine Plattform für medizinische Bildgebung, Genomik, Patientenüberwachung und Medikamentenentwicklung. Im Folgenden möchten wir Ihnen einen Überblick über die aktuellen Frameworks im Bereich GPU beschleunigte Genomik Anwendungen geben.

NVIDIA Clara™ Parabricks ist ein Berechnungs-Framework, das Genomik-Anwendungen von der DNA bis zur RNA unterstützt. Es nutzt die CUDA-, HPC-, KI- und Datenanalyse-Stacks von NVIDIA, um GPU-beschleunigte Bibliotheken, Pipelines und Referenzanwendungs-Workflows für Primär-, Sekundär- und Tertiäranalysen zu erstellen. Clara Parabricks ist ein komplettes Portfolio von Standardlösungen in Verbindung mit einem Toolkit zur Unterstützung der Entwicklung neuer Anwendungen, um die Anforderungen von Genomiklaboren zu erfüllen.

DNA

NVIDIA Clara Parabricks Toolkit

Toolkit

Das Clara Parabricks Toolkit ist ein Technologiestack aus CUDA-beschleunigten Bibliotheken und Deep-Learning-Modulen, C++- und Python-APIs, Referenzanwendungen und Integrationen mit Anwendungen und Workflows von Drittanbietern für High-Performance-Computing, Deep Learning und Datenanalysetools in der Genomik.

NVIDIA Clara Parabricks Pipelines

NVIDIA Clara™ Parabricks Pipelines erzeugt 30-60x schnellere Ergebnisse in branchenüblichen Workflows für DNA- und RNA-Analysen. Clara Parabricks Pipelines beschleunigt die Keimbahnanalyse von GATK4.1 und DeepVariant von Google zusammen mit einer Reihe von somatischen Callern, einschließlich Strelka2, SomaticSniper und Mutect2 von Illumina, die alle auf einer Reihe von NVIDIA-GPU-Plattformen laufen und dieselben Ergebnisse wie die nativen CPU-Instanzen liefern, jedoch in Minuten statt Stunden oder Tagen.

Durch den Einsatz von GPU-beschleunigtem Computing können Clara Parabricks Pipelines mit einem GPU-Server einen Durchsatz bieten, der mit dem von fast 50 CPU-Servern vergleichbar ist, und dabei den IT-Verwaltungsaufwand und die Betriebskosten reduzieren.

Ganz gleich, ob es sich um die Analyse oder Re-Analyse von Sequenzierungsdaten der nächsten Generation handelt, Clara Parabricks Pipelines entwickelt sich schnell zur bevorzugten Lösung und bietet aktuellen Pipelines enorme Effizienzsteigerungen und ermöglicht gleichzeitig benutzergesteuerte Anpassungen

Pipelines

Bis auf Parabricks Pipelines sind alle NVIDIA Clara Produkte kostenlos nutzbar und können von der NVIDIA NGC Cloud heruntergeladen werden.

Parabricks Pipelines wird pro GPU und Jahr lizenziert. Für Kunden im Bereich Forschung und Lehre, zu denen insbesondere auch Universitäts-Krankenhäuser gehören, gibt es rabattierte Edu Preise:

Parabricks Pipelines wird von allen aktuellen Nvidia GPUs unterstützt.
Wir empfehlen die DGX A100, DGX A100 Station, Rechner mit A100, A40, A30, A10, T4 GPUs sowie Workstations mit RTX A6000.
Wenn Sie Fragen haben, schicken Sie einfach eine Mail an info@delta.de oder rufen Sie uns unter der Telefonnummer +49(0)40 / 300 672 - 0 an.

Mehr Informationen finden Sie unter folgenden Links:

Clara Parabricks

https://developer.nvidia.com/blog/advancing-dna-sequencing/


Getting Started with Parabricks

https://www.youtube.com/watch?v=AQltyCwPgU0

Parabricks Pipelines

https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/v3.5/text/software_overview.html